培训内容:
一、高通量时代的宏基因组学研究
1.应用于宏基因组学研究的NGS平台
1.1Roche/454GSFLXTitanium
1.2HiSeq2000
1.3PacBioRSII
2.实验流程
2.1实验设计
21.1Amplicon-based:细菌16SrRNA,古菌16SrRNA,真菌ITS,真菌18S
2.1.2Wholemeta-genomeorwholemeta-transcriptome
2.2建议测序量
23样本采集流程,水体、粪便、肠道内容物、土壤、物体表面、口腔
3.生物信息学分析结果解析
3.1测序结果评估,数据统计,OUT聚类、稀释性曲线(Rarefactioncurve),指数分析
(Alpha-diversity)OUT分类学分析(Taxonomy)
3.2群落结构及丰度分析:Shannonindex曲线、Rank_abundance曲线、样本群落组成分析、样品OUT分布Venn图、Heatmap图、PCR主成分分析
3.3分类学和进行关系分析:系统发生进化树、UniFractionPCoA.UnifracTree、NMDS、RDA/CCA
4.生物信息学数据分析工具
4.1序列质量控制(qualitycontrol)fastqc
4.2序列组装(Metagenomicassemblytool):MetaVelvet;Meta-IDBA;Genovo;Bambus2
4.3Shortreadalignmentandmappingtoreferencegenome:Bowtie;BWA;SOAP3;
mrsFAST
4.4多样性分析(Microbialdiversityanalysis)MLST;Axiome;PHACGS
4.5功能注释(Functionalannotation):RAMMCAP
4.6基因注释(Geneannotation/genecalling):FragGeneScan;MetaGeneMark;
MetaGeneAnnotator
4.7聚类(Binning):TETRA;MetaCluster;Phymm
4.8一站式服务器(Automatedplatforms/serversforcomparativeandfunctionalanalysis):
MG-RAST;MEGAN4;CAMERA;GALAXY
5.宏基因组勘探(Prospectingmetagenomes):
5.1Substrateinducedgeneexpression(SIGEX)
5.2Metaboliteregulatedexpression(METREX)
5.3Productinducedgeneexpression(PIGEX)
6.案例分析,大型宏基因组项目
6.1Humanmicrobiome
6.2EarthMicrobiome
二、微生物组学研究趋势与方法
1、单菌不同水平(如DNARNA.蛋白等)的研究趋势和方法
2、如何利用这些组学研究的内容
三、序列组装和功能分析——DNA水平
1、如何利用和比较llumina和454数据在序列组装上的优缺点。
2、如何利用Sanger测序的结果进行PCR补洞
3、基于组装好的序列进行组分(基因、功能元件、非编码RNA等)和功能分析
4、微生物分析内容和方法
5、讨论如何联合DNA和RNA分析结果形成真正的trans研究
四、微生物基因组
1、微生物基因组学的发展历史和前沿科学问题
2、微生物群落和宏(元)基因组学
2.1微生物群落的动态平衡
2.2人体微生物群落特征
2.3微生物群落和疾病
3、病原菌泛基因组学和进化研究
3.1微生物基因维的特征
3.2基因相互作用网络的结构
3.3生态环境与种群基因组进化
4、病原菌转录组和单细胞研究
4.1单细胞研究的必要性和需要注意的问题
4.2病原菌在压力条件下,单细胞的基因表达和调控
5、从微生物基因组学的角度理解病原菌致病性
5.1致病菌的基因组特征和进化
5.2微生物群落对致病菌的控制作用
5.3环境因素诱导基因表达对致病性的影响
主办单位:中科院计算所烟台分所烟台中科网络技术研究所
承办单位:北京中科云畅应用技术研究院
时间地点:2018年3月29日-4月2日 山东济南
报名电话:陈力 18801285948 010-58032788
报名邮箱:zky_im@vip.126.com