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1.应充分了解每种细菌的不同生物性状及营养要求，以选择适宜的培养基。一般原则是使细菌能够生长而不易变异的前提下，必须选择营养丰富的培养基，一般不用含糖的培养基。液体培养基不适于保存菌种。
2.培养后最好在细菌尚未旺盛发育之前取出，放冰箱内保存。但应注意，一般细菌大多保存于4℃冰箱中，但真菌，霍乱弧菌、铜绿假单胞菌及粪产碱杆菌需在室温保存。而脑膜炎奈瑟菌、淋病奈瑟菌及初次分离的流感嗜血杆菌需保存于37℃孵箱中。
3.保存菌种应做鉴定记录。在主要培养基上生长情况、菌落特征、形态及革兰染色或特殊染色反应、生化反应、血清学性状以及个别菌种需要的动物试验结果等。
4.保存的菌种应有两套，一套供保存传代用，医学教育'网搜集整理一套供实验用。
5.定期转种，每转种三代作一次鉴定。
6.专人保管和发放，严格保管和发放制度。
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