肠结核的治疗目的是消除症状、改善全身情况、促使病灶愈合及防治并发症。强调早期治疗，因为肠结核早期病变是可逆的。
1 .休息与营养 休息与营养可加强患者的抵抗力，是治疗的基础。
2 .抗结核化学药物治疗 是本病治疗的关键。抗结核化学药物的选择、用法、疗程详见呼吸系统疾病的肺结核病。
3 .对症治疗 腹痛可用抗胆碱能药物。摄入不足或腹泻严重者应注意纠正水、电解质与酸碱平衡紊乱。对不完全性肠梗阻患者，需进行胃肠减压。
4 .手术治疗 适应证包括：① 完全性肠梗阻；② 急性肠穿孔，或慢性肠穿孔瘘管形成经内科治疗而未能闭合者；③ 肠道大量出血经积极抢救不能有效止血者；④ 诊断困难需剖腹探查者。
