内科学包含了依不同器官系统而分类的次专科：心脏内科、呼吸科、肝胆肠胃科、肾脏科（泌尿内科）、血液科、肿瘤科、内分泌科、传染病科、免疫科、风湿科、神经科、儿科、神经内科、老年病科等，但各地甚至各医院对次专科的分类可能有所不同。各次专科多半有成立各自的医学会，各自审查次专科医师的资格并举办学术活动。广义的内科学更包含了皮肤科、眼科、精神医学、复健科（康复科）、放射科、安宁缓和科、环境及职业病科等非用外科手术方式治疗之专科。
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