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牙本质的间质为矿化的间质，其中有很细的胶原纤维，主要为Ⅰ型胶原。纤维的排列大部分与牙表面平行而与牙本质小管垂直，彼此交织成网状。在冠部靠近釉质和根部靠近牙骨质最先形成的牙本质，胶原纤维的排列与小管平行，且与表面垂直，矿化均匀，镜下呈现不同的外观，在冠部者称罩牙本质，厚约10——15μm；在根部者称透明层。在罩牙本质和透明层以内的牙本质称髓周牙本质。

间质中羟磷灰石晶体比釉质中的小，这些晶体沉积于基质内，其长轴与胶原纤维平行。

间质中的矿化并不是均匀的，在下列不同区域其钙化程度不同：

（1）小管周牙本质：在镜下观察牙本质的横剖磨片时，可清楚见到围绕成牙本质细胞突起周围的间质与其余部分不同，呈环形的透明带，构成牙本质小管的壁，称为管周牙本质。管周牙本质钙化程度高，含胶原纤维少。

（2）小管间牙本质：位于管周牙本质之间。其中胶原纤维较多，矿化较管周牙本质低。

（3）前期牙本质：牙本质的形成是持续性的，在成牙本质细胞和矿化牙本质之间是一层未钙化的牙本质，称为前期牙本质。

（4）小球间牙本质：牙本质的钙化是由许多钙质小球融合而成的。在牙本质钙化不良时，钙质小球之间遗留一些未钙化的间质，其中仍有牙本质小管通过，此未钙化的区域称为小球间牙本质。小球间牙本质主要见于牙冠部近釉牙本质界处，沿着牙的生长线分布，大小不规则，其边缘多呈凹形，很像许多相接球体之间的空隙。

（5）生长线：生长线又称冯。埃布纳（yon Ebner）线，是一些与牙本质小管垂直的间歇线纹。它表示牙本质的生长发育是周期性的，活动和静止相互交替。牙本质的形成是从牙尖开始的，有规律地成层进行。生长线有节律的间歇即为每天牙本质沉积的厚度，约4——8μm.如发育期间受到障碍，则形成加重的生长线，称为欧文线（Owen line）。乳牙和第一恒磨牙的牙本质在出生前和出生后形成的牙本质之间也有一明显的生长线，即新生线。

（6）托姆斯颗粒层：在牙齿纵剖磨片中，可见根部牙本质透明层的内侧有一层颗粒状的未矿化区。磨片下为不透光的黑色区。其形成的原因有人认为是成牙本质细胞突起的末端膨大，或为末端弯曲所成，也有人认为是矿化不全所致。

（7）继发性牙本质：当牙发育至根尖孔形成时，牙发育即完成，至此以前形成的牙本质称原发性牙本质。但此后牙本质仍在一生中不断形成，这种牙发育完成后形成的牙本质即继发性牙本质。继发性牙本质中牙本质小管的走行方向较原发性者有较大的变异，小管也更不规则。继发性牙本质小管方向稍呈水平，使其与牙发育期所形成的原发性牙本质之间常有一明显的分界线。在髓腔特别是髓室内侧，继发性牙本质呈不均匀分布，受刺激大的区域继发性牙本质形成的也多。由于继发性牙本质不断形成，使髓腔变小。

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